Analisis Filogenik menggunakan MEGA software!

Ola

Hati merupakan kelenjar terbesar dalam tubuh, teletak di rongga perut sebelah kanan atas, berwarna kecoklatan. Selain sebagai kelenjar pencernaan juga berfungsi sebagai alat ekskresi karena organ ini mengekskresikan empedu yang akan dikeluarkan bersama-sama urine dan feses.

Fungsi utama hati yaitu sebagai berikut:

  1. Menyimpan kelebihan gula dalam bentuk glikogen (gula otot). Glikogen akan diubah kembali menjadi glukosa saat tubuh mengalami penurunan gula darah dan tubuh memerlukan energi.
  2. Tempat berlangsungnya pembentukan dan perombakan protein tertentu, misalnya globin yang terdapat didalam darah merah.
  3. Menawarkan racun. Adanya enzim katalase berfungsi untuk menetralkan racun, misalnya H2O2 atau Hidrogen peroksida yang akan dinetralkan oleh enzim katalase menjadi H2O dan O2.
  4. Pembentukan dan perombakan sel darah merah yang dilakukan oleh sel histiosit

Hati menerima darah dari dua Pembuluh darah yaitu arteri hepatica dan vena portal hepatica yang mengalami percabangan yang disebut sinusoid. Sinusoid pada vena portal hepatica akan membentuk vena. Darah dari vena porta mengangkut darah dari usus yang banyak mengandung zat makanan.Hati pada bagian luar dilengkapi oleh selaput tipis yang disebut selaput hati (kapsula hepatica). Didalam jaringan hati terdapat dua macam pembuluh, yaitu pembuluh darah dan pembuluh empedu. Keduanya dipersatukan oleh selaput ikat yang disebut selaput glison. Didalam hati terdapat sel-sel yang bertugas menangkap dan merombak sel-sel darah merah yang telah tua, disebut histiosit. Setiap detik tubuh memproduksi 10 juta eritrosit, dan sejumlah itu pula eritrosit harus dirombak oleh hati. Hemoglobin dilepaskan dari sel darah merah dan dipecah menjadi tiga senyawa, yaitu zat besi, globin dan hemin. Zat besi (Fe) akan disimpan didalam hati, dan dikembalikan kesumsum tulang. Globin akan digunakan lagi dalam metabolism protein maupun dalam pembentukan Hb baru. Hemin akan dirombak menjadi Bilirubin dan Biliverdin. Yang merupakan zat warna bagi empedu dan merupakan zat warna hijau biru. Zat warna tersebut didalam usus akan mengalami oksidasi menjadi urobilin sehingga warna feses dan urin menjadi kekuningan. Empedu berfungsi untuk mencerna lemak, mengaktifkan lipase, berperan sebagai absorpsi lemak dalam usus halus, mengubah zat yang tidak larut dalam air menjadi zat yang larut dalam air , dan pembentukan urea. Jika sel tubuh kelebihan asam amino, asam amino tersebut akan mengalami deaminasi. Deaminasi merupakan pemindahan gugus amin (-NH) dari asam amino. Deaminasi menyebabkan terkumpulnya ammonia yang bersifat racun. Hati dengan bantuan enzim arginase akan mengubah arginin menjadi ornitin dan urea. Urea akan dibuang melalui ginjal, sedangkan ornitin akan mengikat ammonia yang bersifat racun dan akan dikeluarkan kedalam empedu dan urin.

Seperti yang telah disebutkan diatas, Arginase adalah enzim katalis proses hidrolisis senyawa arginina menjadi ornitina dan urea. Paling tidak terdapat dua isoform arginase pada eukariota. Tipe I yang memiliki berkas genetik ARG1 merupakan enzim sitosolik dan banyak ditemukan pada hati sebagai komponen dari siklus urea. Defisiensi pada enzim ini disebut argininemia dengan simtoma hiperamonemia. Tipe II memiliki berkas genetik ARG2, dan terdapat pada mitokondria jaringan ekstra-hepatik, terutama pada ginjal. ARG-2 dianggap berperan dalam metabolisme NO dan poliamina. Enzim ini akan dianalisis kekrabatannya dengan MEGA software. Analaisis ini menggunakan sekuen Deinococcus maricopensis, Fluviicola taffensis, Marinithermus hydrothermalis, Meiothermus silvanus, Oceanithermus profundus, Sulfobacillus acidophilus, Thermaerobacter marianensis, dan Trypanosoma grayi.

originalsek

Analisis ini menggunakan detail encoding sebagai berikut

Analysis
Analysis ———————— Phylogeny Reconstruction
Statistical Method ————– Maximum Likelihood
Phylogeny Test
Test of Phylogeny ————— Bootstrap method
No. of Bootstrap Replications — 500
Substitution Model
Substitutions Type ————– Amino acid
Model/Method ——————– Poisson model
Rates and Patterns
Rates among Sites ————— Gamma distributed with Invariant sites (G+I)
No of Discrete Gamma Categories – 8
Data Subset to Use
Gaps/Missing Data Treatment —– Partial deletion
Site Coverage Cutoff (%) ——– 95
Tree Inference Options
ML Heuristic Method ————- Subtree-Pruning-Regrafting – Extensive (SPR level 5)
Initial Tree for ML ————- Make initial tree automatically (Maximum Parsimony)
Branch Swap Filter ————– Very Strong
System Resource Usage

Bakteri Sulfobacillus acidophilus dan Thermaerobacter marianensis memiliki kekerabatan yang cukup dekat dengan selisih 0.3268 .. kedua bakteri ini memiliki kekerabatan yang cukup jauh dibandingkan dengan bakteri lain. Kelompok bakteri lain yaitu Meiothermus silvanus, Oceanithermus profundus, dan Deinococcus maricopensis memiliki kekerabatan yang jauh dengan selisih masing-masingnya lebih dari 0.4 .. Nah kita lihat lagi bakteri yang lain .. selanjutnya ada bakteri Fluviicola taffensis, Marinithermus hydrothermalis dan Trypanosoma grayi yang memiliki kekerabatan yang cukup jauh ,selisihnya lebih dari 0.4 .. Bakteri Fluviicola taffensis dan Trypanosoma grayi  dari kelompok kedua memiliki kekerabatan yang cukup dekat dengan selisih 0.3115. Lima bakteri pada kelompok pertama dan tiga bakteri pada kelompok kedua memiliki selisih kekerabatan hingga 0.076 sehingga dimungkinkan memiliki kekerabatan yang dekat ..Kesimpulannya .. kalau kita lihat kekerabatan antar bakteri dari fungsi enzim arginase nya .. hanya bakteri Sulfobacillus acidophilus dan Thermaerobacter marianensis serta Fluviicola taffensis dan Trypanosoma grayi yang mempunyai kekerabatan yang sangat dekat .. sementara yang lain cukup jauh. Akan tetapi lima bakteri pada kelompok pertama dan tiga bakteri pada kelompok kedua dimungkinkan memiliki kekrabatan yang cukup dekat. Kekerabatan antar spesies dapat dikatakan dekat apabila memiliki jarak cabang 0-0.4

sekian dari saya pabila ada kesalahan please write down here!

Iklan